Der GDCh-Vorstand besteht aus insgesamt 15-16 Mitgliedern. Davon werden 7 Personen der Academia-Liste sowie 7 Personen der Industrie-Liste gewählt. Zusätzlich delegieren die Fachgruppen einen Vertreter für jeweils 2 Jahre.
Der Vorstand wählt anschließend ein Präsidium aus den eigenen Reihen, bestehend aus einem Präsidenten und zwei Stellvertretern, sowie den Schatzmeister. Der Schatzmeister kann auch von außerhalb des Vorstandes gewählt werden und gehört dann ebenfalls dem Präsidium an.
Das JungChemikerForum hat die Möglichkeit, bei jeder Wahl einen Vertreter vorzuschlagen, der dann ebenfalls in den Vorstand gewählt werden kann. Sollte kein JCF-Vertreter in den Vorstand gewählt werden, hat der Bundesvorstand die Möglichkeit, einen Vertreter zu entsenden. Dieser Vertreter hat allerdings nur Gastrechte, d.h. kein Stimmrecht.
Der Vorstand ist für alle Angelegenheiten der Gesellschaft zuständig, soweit sie nicht durch zwingende gesetzliche Vorschriften oder Bestimmungen der Satzung anderen Organen oder Einrichtungen der Gesellschaft vorbehalten sind. Weiterhin trifft er sich regelmäßig, um grundlegende Entscheidungen zu treffen. Die Tätigkeit ist ehrenamtlich.